Pondok Pesantren Annuqayah berada di desa Guluk-Guluk, Kecamatan Guluk-guluk Kabupaten Sumenep, kabupaten paling timur di pulau Madura. Sedangkan letak Kecamatan Guluk-Guluk berada pada paling barat kecamatan yang ada di kabupaten Sumenep, berjarak sekitar 30 km dari kota Sumenep, berbatasan dengan Kecamatan Pakong, Kabupaten Pamekasan.
Secara geografis, desa Guluk-guluk berada di antara 6°00′-7°30′ dengan
ketinggian ± 117 meter dari permukaan laut, dengan luas wilayah
1.675.955 ha dari luas kecamatan Guluk-Guluk yang memiliki lahan seluas
6.691.316 ha.